Atmosfera kao stanište predstavlja izrazito neprijateljski okoliš za mikroorganizme zbog visokog svjetlosnog zračenja, velike razlike u temperaturi te niske koncentracije organske tvari i relativne vlažnosti.

Različte ljudske aktivnosti, prirodne pojave kao i tehničko – tehnološka rješenja direktno utiču na nastanak tzv. bioaerosola odnosno sitnijih ili krupnijih mikrokapljica ili čestica koje mogu nositi određenu mikrobnu populaciju.

Dokazano je ipak da se veliki broj mikroorganizama nalazi u atmosferi. U zraku su najčešće prisutne vegetativne stanice, spore bakterija i mikroskopske gljivice jer su spore gljiva i bakterija otpornije na Sunčevo zračenje, isušivanje u odnosu na ostale mikroorganizme.

Osim mikroorganizama, u zraku mogu biti prisutni i produkti njihovog metabolizma i produkti raspadanja poput endotoksina.

Da se zaključiti da je potrebno redovno provoditi mjere čišćenja, prozračivanja i dezinfekcije radne opreme i površina sprečavajući na taj način kolonizaciju mikroorganizama u radnim prostorijama. Preporuka je redovno održavati filtre koji služe za usis zraka, te redovito upotrebljavati uređaj za UVC sterilizaciju zraka (UV lampe).

Nadzorom higijenskog statusa zraka i osiguravanjem njegove mikrobiološke čistoće omogućava se smanjenje opasnosti od mikrobiološke infekcije ljudi ili proizvoda, čime se povećava kvaliteta radnog i životnog prostora ili kvaliteta proizvoda.